Muzejní knihovna se zaměřuje především na shromažďování a využívání odborné a regionální literatury včetně periodik. Zvláštní důraz je kladen na literaturu týkající se dudáctví.

Součástí knižního fondu je tzv. Plánkova knihovna – soubor knih strakonického vlastence Jana Vlastislava Plánka.

Knihovní fond zahrnuje také staré tisky a rukopisy, jež jsou psány v jazyce českém a německém, několik exemplářů je v jazyce latinském a také v řečtině a hebrejštině.

Všechny staré tisky a rukopisy včetně této vzácné restaurované památky jsou uloženy v muzeu v samostatné místnosti. Některé z nich lze shlédnout ve stálé expozici muzea.

Celý knižní fond muzea je přístupný k badatelským účelům. Badatelům je k dispozici počítač s přístupem na internet.